События развиваются спустя 2 года после начала пятилетней миссии.

Экипаж звездного корабля «Энтерпрайз» во главе с капитаном Джеймсом Т. Кирком, был атакованы могущественной и опасной волной неизвестных пришельцев, которые уничтожают корабль, оставляя команду на новой неизведанной планете, где она ввязывается в конфликт с новым безжалостным врагом.